החל מ-5 לאפריל 2016 אפליקציית WhatsApp התחילה להצפין הודעות הנשלחות דרכה, ההצפנה עובדת כך שרק המשתמשים הפעילים באותה שיחה יוכלו לראות ההודעות הנשלחות ביניהם, אף אחד וגם לא WhatsApp יוכלו לגשת אליהם.

כל הודעה שנשלחת מאובטחת במנעול משלה, רק השולח והמקבל יש את המפתח כדי לראות את ההודעה, בנוסף WhatsApp טוענים שלאחר משלוח ההודעה היא נמחקת מהשרת שלהם.

סימנים להצפנת ההודעות התחילו להופיע לכל המשתמשים. המשתמש רואה הודעה בתוך השיחה. בנוסף יש אפשרות חדשה בהגדרות אבטחה.

ללא ספק תכונה זו משדרגת את האבטחה באפליקציה ונותנת מענה הולם לטענות שהועלו בעבר שהאפליקציה אינה מאובטחת.